黑颈水龟，体型较大，背甲通常长12—25cm，宽11—18cm。背甲长椭圆形且平扁，具一明显的纵行脊棱，无侧棱。成龟背甲一般棕褐色或黑褐色(幼龟背甲略呈黑褐色)，有些个体每一盾片的中央部色较浅淡。成体腹甲黑色，幼体腹甲棕黄色，每块盾片边缘均有不规则的棕褐色斑纹。甲桥部棕褐、黑褐或棕灰色，与腹甲颜色明显不同。头部大且宽，吻钝，吻略突出于上喙，向内下侧斜切。下鄂左右齿骨联合交角大于或等于90度。头部黑色，侧面有黄绿色条纹(幼体头部侧面或颈部为橘红色)。四肢黑色无条纹，指、趾间具蹼。尾黑色且短。雌龟体型较大，尾较短，泄殖腔孔距背甲后部边缘较近。雄龟体型较小，尾根部粗且较长，泄殖腔孔距背甲后部边缘较远。
