黄毛鼠主要是夜间活动，以黄昏前后和凌晨活动最为频繁，只有在人烟稀少或隐蔽条件较好的地方，白天才有活动。善游泳，常游过小河跑到稻田、甘蔗及甘薯等作物地盗食作物，有时把食物拉入洞口再食。黄毛鼠没有大规模、长距离的迁移，但可随季节向附近成熟的作物区转移，如水稻收割后，大量迁往附近甘蔗地或甘薯地。当食物不足时，它们的活动范围也大大扩展，可以走到远距洞穴1-2百米以外的其他作物地和水源附近寻食。黄毛鼠的活动常有一定的规律，它们常利用各种地形、地物作隐蔽，例如，它们喜欢在低凹处（垄沟、田基的豁口等）通过，喜欢靠壁（田基边、渠边等）行走，也喜欢在草丛下活动，特别是在地边、路边或菜园周围的草丛棘篱下。在水稻田有水的情况下，则常在田基上活动和觅食。 [3]
黄毛鼠穴居，洞穴比较简单，一般只有2-3个洞口，洞口多向东南方，洞口之间有明显的跑道，在作物地，有临时更简单的洞穴。洞口直径30-50mm，洞形不一，随地势环境而筑。有鼠的洞穴洞口光滑，并有从洞里推出的浮土、鼠粪和往来穿行的跑道，也有时发现洞口被泥土堵塞，但当其他洞口被袭击时，即由此洞口逃跑。由于分布区气候温暖、食物丰盛，所以洞穴简单，也没有贮粮的习惯。每个洞穴的鼠数，随着不同季节有较大的差别，一般为2-3只，最多达19只。
