现时只有两个国家有短吻鳄,就是美国和中国。中国短吻鳄更是濒临绝种,并只生长在长江沿岸的淡水地区。虽然路易斯安那州南部的洛克菲勒野生动植物公园(Rockefeller Wildlife refuge)现时也有几只中国短吻鳄在保护中。
美国短吻鳄则出现于美国的卡罗莱纳州至佛罗里达州,和墨西哥湾沿岸地区一带。大多数的美国短吻鳄栖息于佛罗里达州和路易斯安那州。据统计,仅在佛罗里达州,就有超过一百万只的短吻鳄。美国也是世界上唯一个同时拥有短吻鳄科和鳄科的国家。美国短吻鳄一般居住在淡水环境,例如池塘、沼泽、河流和湿地。